Se denomina microbiología del agua al estudio de los microorganismos y sus actividades en aguas naturales. También se estudian las aguas residuales ya que acaban por llegar a los ambientes acuáticos por lo que provocan efectos en ella.
Un indicador de alto nivel de nutrientes en el agua es la presencia de muchos microorganismos, estos suelen crecer en superficies estacionarias o en sustancias particulares. Por otra parte el agua contaminada se puede detectar por la presencia elevada de bacterias, estas poseen apéndices y estructuras que les permiten adherirse a superficies formando biopelículas.
Las bacterias que crecen desarrollando biopelículas son muy resistentes y están protegidas contra el ataque del sistema inmunitario, de esta forma son responsables de problemas dentales, pueden provocar tuberculosis o infecciones por Staphylococcus, ya que muchas veces los fármacos antimicrobianos y los antibióticos no son capaces de atravesar esta biopelícula. En concreto los implantes médicos son idóneos para el crecimiento de biopelículas (catéter o prótesis).
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