En la naturaleza pocas veces el agua se encuentra totalmente pura. Incluso el agua de lluvia se contamina al caer a tierra. Por lo que es de especial interés la contaminación microbiana del agua, debido a las bacterias patógenas. La forma más peligrosa, como ya vimos en otras entradas entradas, de contaminación es la de origen fecal. Se estima que en el mundo producen dos millones de muertes al año por enermedades infecciosas transmmitidas por el agua, como pueden ser la fiebre tifoidea y el cólera.
Para controlar la contaminación fecal se utiliza un control microbiológico del agua denominado colimetría. El cual investiga la presencia de coliformes como indicador de contaminación fecal.
También se han desarrollado pruebas que no están basadas en la detección de patógenos. Estas tienen como objetivo la detección de microorganismos indicadores particulares. Pero deben estar presentes de forma abundante en heces y ser estables en agua como las bacterias patógenas. En España los microorganismos indicadores usuales son los coliformes fecales.